Big Brain Academy består av en rekke mindre hjernenøtter som må løses
under sterkt tidspress. Kategoriene du får bryne deg på er tenke,
memorisere, analysere, regne og identifisere. I hver kategori finner du
tre ulike oppgaver, som blant annet byr på problemer relatert til
romforståelse, hoderegning, figurgjenkjenning, kortidshukommelse og
telling.
Hver oppgave kan velges separat i en treningsmodus, eller du kan velge en
testmodus som presenterer deg tilfeldig valgte oppgaver, og gir deg en
bokstavkarakter basert på resultatene. I tillegg regner Nintendo sin egen
lommeprofessor ut hvor tung hjernen din er, ned til minste gram. Spillet
har også en flerspillermodus, hvor opp til 8 spillere kan konkurrere om
hvem som er den skarpeste.