En mørk vind smyger seg over Orre og korrumperer alt den kommer over. Skygge-Pokémoner finnes over alt. Den ondsinnede organisasjonen CIPHER fra Pokémon Colosseum er tilbake, og denne gangen har de skapt en eksra farlig type av skygge-pokémoner (eXtra Dark Pokémon). Landets skjebne hviler nå på skuldrene til en ung gutt med piggsveis og hans Pokémon-venner.
Dermed må han legge ut på en episk reise for å rense de mørke Pokémonene og redde verden fra det onde selskapet. Takket være Pokémon HQ Lab, hvor moren til den unge helten jobber, har han fått tilgang til helt ny teknologi spesielt designet for å kjempe mot og rense skygge-Pokémonene, slik at de også disse kan trenes opp og brukes som allierte i kampen mot CIPHER.
Pokémon XD: Gale of Darkness er et 3D-rollespill som foregår i en fargerik verden hvor du må reise rundt og fange både skygge-Pokémoner og ville Pokémoner. I tillegg til rollespillmodusen kommer spillet med en kampmodus hvor du og opp til tre andre kan sende Pokémonene deres i kamp mot hverandre.
Spillet kommer også med en rekke minispill, og er kompatibelt med GBA-titler som Pokémon FireRed, Pokémon LeafGreen, Pokémon Ruby og Pokémon Sapphire, samt det kommende Pokémon Emerald. Ved hjelp av en GameCube til Game Boy Advance-kabel kan disse importeres og brukes i Pokémon XD.
